ความขัดแย้งที่เกิดขึ้นจากสาเหตุความขัดแย้งด้านชาติพันธุ์ ศาสนาและวัฒนธรรมเป็นหลัก ซึ่งความขัดแย้งในมิตินี้จะเป็นความขัดแย้งที่กระทบกับเรื่อง “อัตลักษณ์” เป็นสำคัญเนื่องจากการละเมิดสิทธิทางวัฒนธรรม มีการเลือกปฏิบัติ เกิดความไม่เป็นธรรม สร้างความแค้นเคืองให้คนในพื้นที่ กระทั่งคนที่ดำรงอัตลักษณ์ของตนต้องการเสรีภาพ อิสรภาพ เพื่อจะได้สามารถคงไว้ซึ่งอัตลักษณ์ของตนไว้ เช่น กรณ๊ที่ชาวมลายูมุสลิม ในสามจังหวัดชายแดนใต้ ต้องการให้รัฐบาลยอมรับความแตกต่างทางวัฒนธรรม ยอมรับอัตลักษณ์ที่ต่างออกไป เพื่อสร้างความเสมอภาค ความยุติธรรม และลดทอนความรู้สึกแปลกแยก เป็นต้น 

 

ความขัดแย้งในมิตินี้เป็นความขัดแย้งในระดับลึกและไม่สามารถที่จะทำให้เกิดความไว้วางใจได้ในระยะเวลาอันรวดเร็วและการแก้ไขต้องเป็นไปในเชิงโครงสร้างและมีกระบวนการสร้างความไว้วางใจในทุกระดับ